Değerler, başarı için önemli olduğuna inanılan performans standartları, müşteri ve işgörenlere nasıl davranıldığı şeklindeki uygulamalar konusunda örgütlerin sahip oldukları inançlar, örgütte neyin istenir, neyin istenmez olduğunu belirleyen işgörenlerce benimsenmiş ölçütlerdir. Eğitim-öğretim, araştırma ve topluma hizmet görevlerini üstlenen üniversitelerin sahip olması gereken değerlerin başında bilimsel değerler (bilimsellik, bilgiye değer verme, bilgi üretimi için fedakârlık), insanî değerler (hizmet sunulan kişilerin değerli oluşu, öğrencinin kişiliğine saygı) ve etik değerler (dürüstlük, doğruluk, güven) gelmektedir. Paydaşlara göre Pamukkale Üniversitesinin şu anda sahip olduğu ilk üç değer eğitiminde niteliğe önem verme, bilimsellik ve öncülük, ileride sahip olması gereken üç değer öncülük, bilimsellik ve çağdaşlıktır.